Idea projektu se zrodila počátkem 90. let. K jejímu naplňování dochází od roku 2004, kdy se nositelé projektu dohodli na společném postupu řízení projektu. Cyklotrasa Jizera je rozdělena na sedm úseků, z nichž každý má svého garanta, který koordinuje práce na projektu ve smyslu zachování jednotné ideje. Hlavním koordinátorem projektu v celém koridoru Jizery je dnes Sdružení Český ráj, které se se svými partnery hlásí k principům Greenways.

Rozdělení trasy na jednotlivé úseky a garanti projektu:

1. Svazek Krkonoše je nositelem úseku pramen Jizery – Horní Sytová,
2. Město Semily je nositelem úseku Dolní Sytová – Podspálov,
3. Město Železný Brod je nositelem úseku Podspálov – Líšný,
4. Město Turnov je nositelem úseku Malá Skála – Svijany,
5. Město Mnichovo Hradiště je nositelem úseku Loukov - Ptýrov,
6. Statutární město Mladá Boleslav je nositelem úseku Bakov nad Jizerou –  Horky nad Jizerou,
7. Zlatý pruh Polabí, o. p. s je nositelem úseku Benátky nad Jizerou – Brandýs nad  Labem (Praha).

Cyklotrasu Jizera lze již z velké části absolvovat po stávajících vyznačených cyklotrasách. Často se však  vzdálíte od řeky Jizery do kopcovitého terénu. Cílem projektu je vybudovat páteřní cyklostezku, která povede v blízkosti řeky Jizery s minimálním převýšením a bude sloužit jak pro návštěvníky regionů, tak pro místní obyvatele například při cestě do školy, za nákupem a do práce. Součástí záměru je vybudování dopravní a turistické infrastruktury a zajištění dlouhodobé udržitelnosti projektu prostřednictvím funkčního managementu.

Projekt je založen na principu partnerství. Nositelé spolupracují mezi sebou a s dotčenými obcemi, současně se rozvíjí spolupráce mezi veřejným, neziskovým a soukromým sektorem.